(1)防潮，如果室內潮濕，光學鏡片就容易生霉、生霧。鏡片一旦生霉，很難除去。顯微鏡內部的鏡片由于不便擦拭，潮濕對其危害性更大。機械零件受潮后，容易生銹。為了防潮，存放顯微鏡時，除了選擇干燥的房間外，存放地點也應離墻、離地、遠離濕源。顯微鏡箱內應放置1～2袋硅膠作干燥劑。并經常對硅膠進行烘烤。在其顏色變粉紅后，應及時烘烤，烘烤后再繼續使用。
(2)防塵光學元件表面落入灰塵，不僅影響光線通過，而且經光學系統放大后，會生成很大的污斑，影響觀察。灰塵、砂粒落入機械部分，還會增加磨損，引起運動受阻，危害同樣很大。因此，必須經常保持顯微鏡的清潔。
(3)防腐蝕，顯微鏡不能和具有腐蝕性的化學試劑放在一起。如硫酸、鹽酸、強堿等。
(4)防熱，防熱的目的主要是為了避免熱脹冷縮引起鏡片的開膠與脫落。
(5)當載物臺墊片圓孔中心的位置遠離物鏡中心位置時不要切換物鏡，以免劃傷物鏡。
(6)亮度調整切忌忽大忽小，也不要過亮，影響燈泡的使用壽命，同時也有損視力。
(7)非專業人員不要調整照明系統(燈絲位置燈)，以免影響成像質量。
(8)更換鹵素燈時要注意高溫，以免灼傷；注意不要用手直接接觸鹵素燈的玻璃體。不經常使用的光學部件放置于干燥皿內。
(9)固琦顯微鏡目鏡可以用脫脂棉簽蘸1:1比例混合液體甩干后擦拭，不要用其他液體，以免損傷目鏡。
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