1、保持光學元件的清潔對于確保良好的光學性能非常重要。倒置生物顯微鏡不使用時，應蓋上儀器提供的防塵罩。如果光學表面和儀器上有灰塵和污垢，在擦拭表面之前，用吹氣球或軟刷清除灰塵。
2、光學表面應使用無絨布、鏡片紙或沾有特殊鏡片清洗液的棉簽進行清潔。請避免使用過多溶劑。擦鏡紙或棉簽應用溶劑適當潤濕，但不要使用過多溶劑滲入物鏡，導致物鏡銳度下降，損壞物鏡。
3、目鏡和物鏡的表面透鏡最容易受到灰塵、污垢和油的影響。當發現對比度、清晰度和霧度降低時，有必要用放大鏡仔細檢查目鏡和物鏡前面的透鏡的狀況。
4、用蘸有酒精/醚混合物或二甲苯的透鏡紙或吸水棉擦拭透鏡。
5、擦拭油漆表面，用紗布抹去灰塵。如果有油污和污垢，用蘸有少量汽油的紗布清除，不要使用有機溶劑(擦拭涂漆表面和塑料零件)。
6、倒置生物顯微鏡是一種精密光學儀器。不要隨意拆卸其部件，以免損壞其工作效率和準確性。
7、儀器不使用時，用有機玻璃或聚乙烯蓋好，存放在干燥處，無霉菌滋生。物鏡和目鏡最好放在帶有干燥劑的封閉容器中。
8、低倍物鏡有相當多的前透鏡組，可以用棉布或棉簽包裹在手指上，用乙醇潤濕的透鏡擦拭紙擦拭。4輕輕擦拭透鏡表面。不要用力過大和刮傷，并確保棉簽接觸透鏡的凹面。
9、清潔后，用放大鏡檢查物鏡是否損壞。如果必須打開觀察鏡筒，請小心不要觸摸鏡筒下方暴露的透鏡。如果透鏡表面有指紋，成像清晰度將降低。用干凈的物體目鏡擦拭。
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